در ايران پيش از اسلام گونه اي خاتم سازي رواج داشته و شيوه کار آن چنين بوده که از چوب يکرنگ مکعب هايي به اضلاع چهار ميلي متر مي بريدند و با طرح هاي گوناگون روي صفحه اي نصب و ميخکوب مي کردند و اين شيوه تا چند قرن پس از اسلام هم متداول بوده است. عهد صفويه درخشان ترين دوره خاتم سازي در ايران است. صندوق مرقد امامزاده سيد علاءالدين حسين در شيراز و در جفت خاتم آن بقعه که قدمت آنها 400 تا 450 سال است، قاب آينه خاتم که در تاريخ 1124 ه. ق در کرمان ساخته شده و جزو مجموعه خصوصي مرحوم محمدحسين صنيع خاتم است. بخش هايي از صندوق آرامگاه شيخ صفي الدين در اردبيل، صندوق آرامگاه شاه اسماعيل صفوي در کرمان، صندوق مرقد حضرت موسي بن جعفر و حضرت امام جواد در سامرا و نيز صندوق خاتم ضريح نرگس خاتون مادر گرامي امام زمان در سامره که در زمان شاه سلطان حسين صفوي به کمک استاد جعفر ساخته شده است از شاهکارهاي خاتم آن دوران است.
در دوره زنديه و به خصوص در زمان سلطنت کريم خان در اثر تشويق هنرمندان تحولاتي در هنرهاي تزييني ايران پديد آمد و از آثار مربوط به اين دوره مي توان از صندوق مرقد حضرت علي بن ابيطالب در نجف اشرف، صندوق خاتم مرقد حضرت سيد الشهدا و حضرت ابوالفضل در کربلا، صندوق مقبره حضرت زينب و حضرت رقيه در سوريه نام برد. در دوران قاجاريه هنر خاتم رو به افول گذاشت اما در همين زمان نيز هنرمندان از خود آثاري به جا نهادند که از آن جمله، در ورودي خزانه و حرم حضرت عبد العظيم و در ورودي موزه ايران باستان است. در دوره پهلوي کارگاه خاتم سازي در مدرسه هنرهاي زيبا تشکيل شد و امين الصنايع براي رياست اين کارگاه از شيراز به تهران دعوت شد. در سال 1313 ساخت اتاق خاتم کاخ مرمر توسط هفت تن از اساتيد بنام و با همکاري شصت نفر از خاتم سازان شيراز، اصفهان و تهران آغاز شد و چهارسال طول کشيد. ساخت صندوق هاي حضرت مسلم بن عقيل، عبد العظيم، شاهچراغ و نيز تالار خاتم مجلس شوراي ملي سابق که ساخت آن با تلاش خستگي ناپذير بيش از 60 تن از اساتيد و هنرمندان ورزيده در مدت 6 سال به پايان رسيد.